Naučnoistraživački rad u Institutu provodi se u naučnim odjeljenjima podijeljenim prema lingvističkim oblastima. Trenutno postoje Odjeljenja za standardni jezik, dijalektologiju, historiju jezika i leksikologiju, u okviru kojih djeluju saradnici Instituta specijalizirani za ove oblasti nauke o jeziku. Pored naučnog sektora, Institut ima i administraciju (Računovodstvo, Pravna služba i Služba za izdavačku djelatnost i bibliotekarstvo) koja predstavlja podršku naučnoistraživačkom radu. Sve odluke donose se na Vijeću, kojim predsjedava direktor Instituta, a članovi su svi uposlenici u naučnom sektoru s minimalnom titulom magistra.
Institut svoje aktivnosti realizira putem projekata. Brojni projekti u Institutu organizirani su prema odjeljenjima, a unutar njih su klasificirani po metodama (naučni i stručni), obimu (makroprojekti i pojedinačni projekti), trajanju (dugoročni i kratkoročni) itd. Pored toga, kontinuirano se sprovode projekti manjeg obima posvećeni promociji Instituta i nauke o jeziku.
Uza sve to, Institut za jezik se trudi biti na usluzi svim institucijama i građanima Bosne i Hercegovine za sve nedoumice, probleme ili konkretne prijedloge za saradnju vezane za jezičku problematiku, u cilju općenitog poboljšanja jezičke kulture, podizanja nivoa obrazovanja, promoviranja što bolje jezičke prakse te pomoći svima onima kojima je ovakva vrsta pomoći potrebna.
